大战末期,处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势,但结果仪式失败,不仅做为执行者的夜光身亡,还强烈地扰乱首都东京的灵气,使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅,负责处理日本各地-主要是东京-发生的灵力灾害,而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。
土御门春虎是个出生土御门家的少年,虽身为阴阳师名门后代,却毫无阴阳师才能,过着一般人的生活。某年夏天,春虎遇见了他的童年玩伴,也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人,在此刻相见之后,土御门的历史开始转动了起来......